Monthly Archives: April 2015

The Size of the Genome

In 2012 scientists of the University of Leicester printed the full human genome in books. A BBC news item shows the impressive 130 thick volumes that were required to achieve this. One heavy book is shown to exclusively contain four letters, ACTG, from cover to cover: no spaces, no paragraphs, no chapters.


My Dutch Copy of ‘Over het ontstaan van soorten’, to show the size.

Practically those books are completely useless, but beside that: wow! From the moment I saw it, I really wanted to have a full genome library like that!

Such a practical representation of the human genome, as it was deciphered in the Human Genome Project, gives an elegant insight in the dimensions, the complexity, and above all: the astonishing incomprehensibility of the genome. Sadly, printed genome library’s were sold nowhere. That is why I tried to make the genome materially concrete for myself in another way. I tried to visualize it, using a book that I, and many other people do have at home: Darwin’s On the Origin of Species. There’s two pictures of my personal Dutch copy beside to show its size.


Pages of my OTOOS copy, to show the letter size.

What if the human genome would be printed in books the size of my copy of Darwin’s ‘On the Origin of Species’?


DNA in Eukaryote cell (Wikipedia)

In order to find that out, it might be good to do some genome basics, as a reminder. Humans, like most other living organisms, are made up out of cells. These are quite small, and there’s a lot of them. Each cell has a small core, that contains DNA.

DNA is the molecule with the iconic ‘double helix’ form, that has become the general symbol for genetics. DNA is made up out of very long strings, with four reoccurring variations. These were named A, C, T and G.

The image that was depicted in the famous Watson and Crick 1953 Nature article

The image that was depicted in the famous Watson and Crick 1953 Nature article

Inside each cell there’s about three billion pairs of those letters. All humans share the vast majority of these. It was those three billion letters that were deciphered in the Human Genome Project, and that’s what was printed by the Leicester scientists. (Note that the ‘genome’ is not the same as ‘a gene’ or ‘genes’.) So all cells of our body’s contain roughly the same three billion letter text, and the scope of that, is what I would like to make concrete.


Visualization of seven shelf bookcase, with the OTOOS copy below.

When we take a look at the Darwin Online second edition version of Darwin’s book, we can easily determine that it contains about one million characters, spaces included. So in order to write the genome’s letters in 1.000.000 character books, 3000 books would be required. So roughly three thousand times the text that’s inside my copy of On the Origin of Species, is inside each cell of our bodies.

My copy of The Origin of Species is about 2,4 cm thick, so a row of three thousand copies, would be about 70 meters long!

In order to visualize the amount of text, I imagined a bookcase with seven shelfs. In the university hallway I hung up seven papers, and that seemed reasonable. On the right there’s a photo of this imaginary ‘bookcase’ I made. Also note my copy of On the Origin of species on the lowest ‘shelf’.

A seven shelf bookcase, that were to be filled with 3000 copies of On the Origin of Species, would need to be ten meters long. So if the seven papers were the right hand side of this bookcase, the left hand side would be ten meters down the hallway. In order to visualize this, I took ten big steps, and put my office fitness ball there. A kind student was willing to support my visualization by pointing to the topmost corner of my imaginary bookcase. This is the result:


(Person in photograph: Matthijs Geleijnse.)

So if this were a seven shelf bookcase, from the papers in the front, to the ball and the student at the back, and if it were entirely filled with copies of the tiny book that’s visible in the middle, than that would be the space required to store a full printed version of the human genome.

On second thought, obtaining such a book collection might not be so desirable after all! I already find it difficult to find proper room for my current book collection, and those are books that are actually fun to read.

And furthermore, I supposedly already posses such a library in every single cell of my body. And since those are estimated to number, adding one more, wouldn’t really make a difference. Besides, this exercise got me a nice imaginary bookcase just outside my room, and that’s where I will leave it.

The Leather Bot-tel

Looking through some old digitalized magazines, I stumbled upon this 1901 satiric poem on Darwin’s On the Descent of Man.

The point is absolutely clear: Darwin proves that we essentially all are leather wine sacks meant to pour in booze. And, to be honest, for me it’s the first admissible Darwinian naturalistic fallacy.

How many wondrous things there be of which we can’t the reason see!
And this one, I used to think, that most men like a drop of drink!
But there comes Darwin with his plan, and shows the true Descent of Man,
And that explains it all full well, for man was once – a leather bot-tel.

There are Molusca rather small, that Naturalists Ascadia call;
Who, being just a bag like skin, subsist on water pouring in;
And these you’ll find, if you will seek, derive their name from heathen Greek;
For Scott and Scapula show full well that As-kos means – a leather bot-tel.

Now Darwin proves as clear as mud, that, endless ages ere the flood,
The Coming Man’s primeval form, was simply an Ascidian worm;
And having then the habit got, of passing liquor down his throat,
He keeps it still, and shows full well that man was once – a leather bot-tel.

*When Bachus’ feasts come dully round, Athenians peasants beat the ground;
And danced and leapt, to ease their toil, ‘mid leather bottles smeared with oil;
From which they slid, with broad gramasce, and falling filled with mirth the place,
And so they owned and honoured well their great grand aire – the leather bot-tel.

*The toper loves to sit and swill of wine, or grog, or beer, his fill;
And, as he doth but little eat, it serves him both for drink and meat;
But don’t, I pray, be to strait-laced or blame it pure Ascidian taste;
For Darwin’s theory shows full well, the toper is – a leather bot-tel.

*The Dean of Christ-Church does not shrink, to give five reasons we should drink;
“Good wine, a friend, onbeing dry, or lest we should be by-and-by;”
Then adds the fifth in humorous sport, as “any other reason” fot’t;
But all his reasonings show full well, the Dean was just – a leather bot-tel.

*Nay, those who fain strong drink would stop, don’t ay, we should not drink a drop
But water, milk, or “eau sucree”, we’re free to tipple all the day;
Sam Johnson’s self, as you may see, drank many myriad cups of tea;
And all this drinking shows full well, that man’s at best – a leather bot-tel.

“The thirsty earth drinks up the rain” the plants, too, drink the moistened plain
“The sea itself, which one would think, would have but little need of drink,
Drinks twice ten thousand rivers up ; “while beasts and fishes share the cup;
The Sun, too, drinks, the Moon as well; so Nature’s all – a leather bot-tel.

I hope even Darwin don’t say Nay, when asked at times to wet his clay;
And I for one would drink his health, and wish him sense and wit and wealth,
And if good liquor he doth brew, I”drink to old Erasmus too;
And gladly join to show full well that man is still – a leather bot-tel.

1901 Notes and Quiries


Een bibliotheek zonder boeken

(Stukje gepubliceerd in Erasmus Magazine 5 maart 2015)

De UB voert op dit moment haar boeken af. Waarheen is onduidelijk, maar een medewerker die ik sprak, had het over ‘externe opslagplaatsen’ en ‘saneren.’ Of dat laatste waar is, is nergens te vinden, maar een recent nieuwsbericht over een boekenschenking aan de Filipijnen spreekt boekdelen. Na deze grote boekverpanding en een verbouwing die alles “lichter, ruimer en transparanter” moet maken, hoopt de UB “klaar te zijn voor de toekomst.” Maar de boeken komen niet terug. Alleen het hoogst nodige wordt twee keer per dag op transport gezet. Dus de bibliotheek, doet de boeken weg, om ruimte te besparen.

Mij lijkt dit een weinig vanzelfsprekende keuze, met ingrijpende gevolgen. De ogenschijnlijke achteloosheid waarmee het gebeurt, roept bij mij bovendien grote vragen op. Want wat is de status en de waarde van een universiteitsbibliotheek en welke bevoegdheden heeft haar bestuur? Hoe meer ik hier over nadenk, hoe vreemder het wordt. Is dit serieus mogelijk? Algemene academische discussie en betrokkenheid lijken mij dringend noodzakelijk.

Missie en visie?

Onder het kopje ‘missie en visie’ op haar website, stelt de UB zichzelf “de ambitie de datamanager te worden van de universiteit”. De afgelopen jaren werden veel data via de UB inderdaad gemakkelijker toegankelijk gemaakt. Wat echter steeds moeilijker toegankelijk is geworden, is de eigen collectie. Al jaren valt deze steeds meer weg achter de aanzwellende datamassa, want voor een ‘datamanager’ is alle data gelijk.

Nu heeft een bibliotheek natuurlijk meer taken dan ‘datamanagement.’ In de hele ‘missie en visie’ is hier echter niets over te vinden. Het woord ‘boek’ wordt niet eens genoemd. Het gemak waarmee de collectie thans wordt afgeschreven is, hangt nauw samen met deze simpele visie. Door de nadruk op ‘datamanagement’ en ‘dienstverlening’ worden in de waan van de dag, andere essentiële eigenschappen van een universiteitsbibliotheek uit het oog verloren.

Wat dan?

Over archiveren wordt bijvoorbeeld niets gezegd. Het bijhouden van informatie voor deze universiteit, heeft over de jaren een zeer specifieke collectie voortgebracht. Deze collectie is nauw verbonden met de historische wetenschappelijke ontwikkeling. De wortels van de expertise waarmee wij ons vandaag de dag onderscheiden en waarin wij thans excelleren, liggen in deze bibliotheek.

Deze collectie is het best denkbare en meest diepgravende archief voor de huidige academische gemeenschap. De wijze waarop hiermee wordt omgegaan is inhoudelijk verbonden met de kennis en het onderzoek van nu. Keuzes over afvoeren, uitdunnen of uitrangeren van de bibliotheek, zijn daardoor keuzes van groot waarderend belang en overstijgen de verantwoordelijkheden die een ‘datamanager’ kan dragen.

Zeker omdat een universitaire bibliotheek in haar fysieke zichtbaarheid en beschikbaarheid ook een symbolische waarde heeft. De plaats die wij haar geven, vormt onze verhouding met de geschiedenis. Zorg hiervoor is meer dan ‘dienstverlening.’ Het is een morele verantwoordelijkheid naar het verleden en een morele verplichting aan de toekomst.

En tenslotte is het ook strategisch onbegrijpelijk. Datamanagement is belangrijk, maar toch niet de meest vruchtbare corebusiness voor de toekomst? Deze doelstelling is geschreven met de taal en logica van competitief concurrerende bedrijven. Denkt de UB werkelijk op het gebied van datamanagement te kunnen concurreren met de markt? Uiteindelijk koopt de universiteit haar diensten en datamanagement, net als nu, gewoon in bij de grote commerciële jongens die dit altijd beter en goedkoper kunnen leveren. En de UB kan dit vervolgens (blijven) beheren en beschikmaar maken, als een van haar vele taken.

Er liggen overigens wel andere strategische kansen. De UB heeft één unique selling point met goede toekomstperspectieven in de globaliserende informatiemarkt: haar eigen collectie.


De argeloze vanzelfsprekendheid waarmee het bestuur van de UB zichzelf tot ‘datamanager’ kroont en de bibliotheek afvoert, is voor mij onbevattelijk. Of begrijp ik het verkeerd? Zie ik een zorgvuldig georganiseerd academisch draagvlak over het hoofd? Want anders is het hoog tijd om ons af te vragen of de funeste toekomstwaan achter deze onnozele gretigheid, in de echte toekomst valt te verantwoorden.

Want, hallo! De bibliotheek doet gewoon de boeken weg! Echt! De UB, vergooit op dit moment kansen voor een toekomst, die meer zoekt dan data. En daar zitten ze dan, met een transparante bibliotheek vol studieplekken, internetaansluitingen, bespreekruimten, printers, datamanagers, workshops en datacontracten, waar het bier op gigantische centennial feesten de hele nacht rijkelijk vloeit; maar zonder boeken. Echt! Een bibliotheek, zonder, boeken.